Микрофонд стартира през 1999г. с мисия да подпомага стартиращи предприемачи и микро бизнеси. През 2009г. Дружеството получава Разрешение с номер BGR00077 за вписване и опериране като финансова институция в Регистъра на БНБ по смисъла на чл.2, ал.2 от Закона за кредитните институции в България.

Микрофонд е член на Microfinance Centre- Полша, организация, обединяваща над 140 финансови институции в Европа и Азия, и е сред първите Европейски финансови институции, сертифицирано по Европейския кодекс за добри практики при предоставянето на микрокредити, утвърден от Европейската комисия.

Микрофонд е и първата финансова институция в Европа, която става партньор на Европейския Инвестиционен Фонд по Програма „Прогрес“, като подписва договори през 2011г. и 2015г. за съответно 3 млн. евро и 2 млн. евро.

През Декември 2017г. Микрофонд е избран бенефициент по инструмента Микрокредитиране със споделен риск, управляван от Фонд мениджър на финансови инструменти в България (ФМФИБ) и финансиран по Оперативна програма „Развитие на човешките ресурси“ 2014–2020. Инструментът цели подобряване достъпа до финансиране за стартиращи и социални предприятия, за млади хора и за уязвими групи, посредством микрокредити с облекчени условия.

Компанията е сред първите в Европа, сертифицирани по Европейския кодекс за добри практики при предоставянето на микрокредити, утвърден от Европейската комисия.